Diplôme d'ingénieur Spécialité Bio-informatique

Pour obtenir un diplôme d'ingénieur en modalité HTT au Cnam, il convient de valider plusieurs éléments : 
Enseignements 

• Un tronc commun composé de 5 unités d'enseignements (UE), constituant un socle scientifique de base similaire, quelle que soit la spécialité ou le parcours choisi. Ces UE dites de "tronc commun" sont codées UTCnnn. Elles sont créditées de 15 ECTS.
• Une UE d'anglais (6 ECTS) et un test d'anglais niveau B2 (non crédité), Bulats ou équivalent. 
• Un bloc d’UE, obligatoires ou optionnelles, permettant d'acquérir les savoirs et compétences liés à la spécialité préparée. Il s'agit d'enseignements scientifiques et techniques orientés "cœur de métier" de la spécialité. Ce bloc octroie selon les spécialités de 12 à 21 ECTS.
• Un bloc d’UE, dites « plug-in », à choisir dans une liste, à hauteur de 18 ECTS à 21 ECTS selon les spécialités, et permettant d'acquérir des savoirs et compétences complémentaires aux UE "cœur de métiers".

• Une UE, dite « oral probatoire », codée ENGnnn, préalable indispensable à la réalisation du mémoire (voir infra). Cette UE délivre 6 ECTS dans le cadre du diplôme. 

Autres éléments 

• Un mémoire (projet de fin d'études) élaboré sur la base d'un projet conduit en situation de travail, sur un sujet et des livrables validés par l'enseignant responsable de la filière (ou son représentant en Centre Cnam en Région). Le projet est conduit en situation de travail et représente l'équivalent d'une activité d'ingénieur réalisée sur une période de 6 mois (indicatif). Le projet est négocié par l'élève avec son employeur. Le cas échéant, il peut faire l'objet d'un stage dans un organisme tiers. Le mémoire est crédité de 42 ECTS. Le mémoire d'ingénieur est codé UAMMnn. 
• De l'expérience professionnelle, codée UAEP01, UAEP02, UAEP03, octroyant un total de 33 ECTS :
  • L’UAEP01, créditée de 9 ECTS, est validée lors du dépôt du dossier d'inscription à l'EiCnam, sur la base du CV, des éléments de renseignement de parcours professionnel constitutifs de ce dossier et par un entretien réalisé par l'enseignant responsable du diplôme ou de son représentant en Centre Cnam en Région. Elle correspond à l’équivalent d’un emploi de 6 mois à temps plein de technicien supérieur ou ingénieur dans la spécialité.
  • L’UAEP02 créditée de 9 ECTS, est validée soit à l’admission de l’Eicnam (avec UEAP01) pour l’élève-ingénieur qui peut en faire l’état, soit au moment de la soutenance du mémoire, après complément de dossier. Elle correspond à l’équivalent d’un emploi de 6 mois à temps plein de technicien supérieur ou ingénieur dans la spécialité.
  • L’UAEP03 créditée de 15 ECTS, est validée lors de la soutenance du mémoire. Elle correspond à l’équivalent d’un emploi de 24 mois à temps plein sur des fonctions classiquement confiées à un ingénieur dans la spécialité .

Validations intermédiaires 

• Il faut avoir valider les UE UTC + anglais + UAEP01 pour candidater à l'École d'ingénieur·e·s du Cnam (EiCnam)
• Il faut être inscrit à l’EiCnam pour pouvoir s’inscrire à l’ENGnnn
• Il faut avoir validé ENGnnn pour pouvoir préparer le mémoire UAMMnn 

Conseil générique pour suivre le parcours : 
Afin d’intégrer les principes de l’espace européen de l’enseignement supérieur, en particulier le processus de Bologne, le cursus ingénieur HTT Cnam est constitué de 6 semestres (semestres 5 à 10), pour un total de 180 ECTS. 
Ce découpage en semestres ne représente pas un déroulement obligatoire des études. Le principe d'inscription à la carte, selon son propre rythme, prévaut sur le rythme semestriel. 
Ainsi, s'il faut obtenir les 5 UE UTC + UE ANG + UAEP01 pour valider le premier semestre et avoir le droit de s'inscrire à l'EiCnam, il n'est certainement pas recommandé de « boucler » ce « bloc semestriel » en moins d'un an, et il est conseillé d’y intercaler d'autres constituants tels que les UE « plug-in » ou les UE « cœur de métier ». 
En revanche, l'ordre des UE de spécialité présentées dans le schéma de l'onglet « programme » correspond à un optimum en termes de prérequis et de progression pédagogique

La certification implique la vérification des qualités suivantes :
1. Aptitude à mobiliser les connaissances d’un large champ de sciences fondamentales.
2. Connaissance et compréhension des disciplines et des champs techniques de la spécialité.
3. Maîtrise des méthodes et des outils permettant l’identification et la résolution de problèmes, même
non familiers et non complètement définis, la collecte et l’interprétation de données, l’utilisation et le développement des
outils informatiques, l’analyse et la conception de systèmes complexes, l’expérimentation ou la mise en
place d’expérimentation.
4. Capacité à s'intégrer dans une organisation, à l’animer et à la faire évoluer : engagement et
leadership, management de projets, maîtrise d’ouvrage, communication avec des spécialistes comme
avec des non-spécialistes.
5. Capacité à prendre en compte des enjeux industriels, économiques et professionnels : compétitivité
et productivité, innovation, propriété intellectuelle et industrielle, respect des procédures qualité,
sécurité.
6. Aptitude à travailler en contexte international : maîtrise d’une ou plusieurs langues étrangères,
propriété industrielle, intelligence économique, ouverture culturelle, expérience internationale.
7. Connaissance des relations sociales, environnement et développement durable, éthique permettant
de travailler dans le respect des valeurs sociétales.
 
Les industries biomédicales et pharmaceutiques s’appuient de plus en plus sur des approches
bio-informatiques dans le développement de leurs projets. Dans leur travail quotidien, les
biologistes/biochimistes, pour analyser leurs résultats et les confronter face à la connaissance existante,
doivent consulter régulièrement les banques de données bio/chemio-informatiques propriétaires ou disponibles sur Internet, utiliser les logiciels disponibles, et le cas échéant développer des applications informatiques spécifiques
au traitement de leur données expérimentales. C’est aujourd’hui devenu un véritable métier.
 
En résumé, il est important de pouvoir proposer une nouvelle formation et un nouveau diplôme d’ingénieur
en Bio-informatique pour répondre à l'émergence des métiers liés au développement des biotechnologies
et des nouveaux médicaments.
 
L’ingénieur Cnam spécialité Bio-informatique a un certain nombre de compétences :
-Maîtrise du système d’exploitation Unix.
-Connaissance des principales bases de données biologiques sur Internet
-Maîtrise de la veille scientifique et technique, recherche bibliographique et analyse de travaux scientifiques publiés.
-Maîtrise de l’algorithmie en informatique et d’au moins un langage de programmation pour développer des applications utiles pour l’exploitation des données.
-Connaissance des grands algorithmes de la bio-informatique
-Maîtrise des logiciels de modélisation moléculaire (prédiction de structure 3-D, docking, drug design)
-Connaissance des principales nouvelles technologies (génomique, protéomique, transcriptomique, métabolomique, biologie des systèmes) et maitrise des techniques d’exploitation des données qui en sont issues
-Connaissance des biostatistiques pour l’exploitation des données et l’interprétation des résultats
Il est également sensibilisé aux outils de la communication, aux bases  d’économie et de la gestion nécessaire à la gestion de projets et d’entreprise, aux ressources humaines et au droit du travail et des produits, notamment à propos de la propriété intellectuelle