Bases de microbiologie générale

I. La diversité des microorganismes et leurs méthodes d'observation à l'état frais

• Diversité des microorganismes (bactéries, mycètes, protistes, virus) à travers leur morphologie, structuration biochimique, mobilité, …
• Méthodes d'observation à l'état frais (microscope, colorations, dénombrements en milieu liquide)

II. Influence de l'environnement sur la croissance microbienne

• Courbe de croissance
• Influence des paramètres physico-chimiques (température, pH, activité de l'eau, oxygène)
• Croissance de populations microbiennes (synergies, compétitions, biofilms)
• Caractérisation des propriétés anti-microbiennes (CMI)

III. Méthodes d'identification et de dénombrement basées sur le métabolisme des microorganismes

• Métabolismes microbiens (respirations/fermentations, variabilité des voies métaboliques en lien avec les méthodes d'identification des microorganismes
• Techniques de dénombrement et d'identification sur milieu solide et les tests de caractérisation (coagulase, galerie API, …)

IV. Méthodes moléculaires et immunologiques d'identification ou de dénombrement des microorganismes

• Eléments de plasticité et d'évolution génétique microbienne (plasmides, opérons, mutations, parties du génôme conservées ou variables, …)
• Méthodes moléculaires et immunologiques d'identification ou de dénombrement (typages, électrophorèses, PCR (simple, multiplex, quantitative), séquençage, antigène-anticorps, …)